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비영리법인이 모두 공익법인은 아니지만, 대부분의 비영리법인은 공익법인이라고 생각하는 것이 현실적입니다.
공익법인이 안된다면 비영리법인을 세울만한 실익이 별로 없기 때문입니다.
일정한 요건을 갖추고 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정·고시한 법인은 공익법인에 해당합니다.
공익법인의 지위 유지와 관련하여 지정 절차를 받지 않은 경우 기부자는 기부금에 대해 세액공제를 받을 수 없고, 기부받은 단체는 증여세 면제 혜택을 받을 수 없습니다.
다만, 종교, 학교, 의료, 사회복지 법인 등은 기획재정부 장관의 지정여부와 상관없이 공익법인에 해당합니다.
아래의 공익법인의 주요 신고의무를 보면 종교법인은 출연재산보고만 하면 됩니다.
물론 헌금만 있는 경우 출연재산보고의무도 안해도 됩니다.
예외적으로 내국법인 주식을 5% 초과 보유한 경우 등은 결산서류 공시, 전용계좌개설신고, 회계감사의무가 있습니다.
헌금만 있는 종교단체는 출연재산 보고 의무가 없습니다.
불특정 다수인이 출연하여 출연자별로 출연받은 재산가액 산정이 어려운 헌금만 있는 종교단체인 경우, 출연재산보고서 제출 의무는 없습니다.
다만, 주식이나 부동산을 출연받은 경우에는 보고 의무가 있습니다.
종교법인은 결산공시 의무가 없지만, 내국법인 주식을 5% 초과보유한 경우 등은 표준공시를 해야 합니다.
모든 공익법인등(종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 공익법인등은 제외)은 결산서류 등을 해당 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 공시하여야 합니다.
다만, 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 분부터 아래 항목에 해당하는 종교단체는 표준공시 대상입니다.
① 동일 내국법인 발행주식총수의 5%를 초과하여 출연·취득한 공익법인
② 특수관계 있는 내국법인 주식을 총재산가액의 30%(50%)를 초과하여 보유하는 공익법인
③ ’96.12.31. 당시 특정주식 5%를 초과하여 보유한 공익법인으로서 현재 까지 해당 주식을 5% 초과하여 보유한 공익법인
§ 상속세 및 증여세법 제50조의3 제1항, 같은 법 시행령 제43조의5 제1항
종교법인은 회계감사 의무가 없지만, 내국법인 주식을 5% 초과보유한 경우 등은 회계감사를 받아야 합니다.
아래 1, 2, 3번에 해당하는 공익법인을 제외한 공익법인은 과세기간별 또는 사업연도별로 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 합니다.
1. 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 직전 사업연도의 총자산가액 등이 아래 1), 2), 3)번을 모두 충족하는 공익법인등
1) 과세기간 또는 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 상속세 및 증여세법 제60조ㆍ 제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말함)의 합계액이 100억원 미만
2) 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만
3) 출연받은 재산가액이 20억원 미만
2. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 영위하는 공익법인등
3. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립ㆍ경영하는 사업을 영위하는 공익법인등
다만, 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 분부터 아래 항목에 해당하는 종교단체, 학교법인은 외부 회계감사 대상입니다.
① 동일 내국법인 발행주식총수의 5%를 초과하여 출연·취득한 공익법인
② 특수관계 있는 내국법인 주식을 총재산가액의 30%(50%)를 초과하여 보유하는 공익법인
③ ’96.12.31. 당시 특정주식 5%를 초과하여 보유한 공익법인으로서 현재까지 해당 주식을 5% 초과하여 보유한 공익법인
§ 상속세 및 증여세법 제50조 제3항, 같은 법 제43조 제3항·제4항
종교법인은 전용계좌 신고 및 사용 의무가 없지만, 내국법인 주식을 5% 초과보유한 경우 등에 해당되는 경우 전용계좌개설 대상입니다.
수익사업 관련 계좌와 공익목적사업 전용계좌는 구분하여 사용해야 하며, 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출에 사용하는 계좌는 전용계좌로 신고하여야 하나, 국가·지자체로부터 받은 보조금에 대해서는 전용계좌 신고·사용 의무가 없습니다.
종교단체를 제외한 모든 공익법인은 아래 1~5번에 해당사항이 있으면 전용계좌를 사용해야 합니다.
1. 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 금융기관을 통하여 결제하거나 결제받는 경우로서 다음의 경우를 포함합니다.
- 송금 및 계좌 간 자금이체
- 수표·어음으로 이루어진 거래대금의 지급 및 수취
- 신용카드, 선불카드, 직불카드를 통하여 이루어진 거래대금의 지급 및 수취
2. 기부금·출연금 또는 회비를 받는 경우
- 다만, 현금으로 직접 받은 경우로서 기부금·출연금 또는 회비를 지급받는 날로부터 5일까지 전용계좌에 입금하는 경우는 제외함.
이 경우, 기부금·출연금 또는 회비의 현금수입 명세를 작성하여 보관하여야 함
3. 인건비·임차료를 지급하는 경우
4. 공익목적사업과 관련된 기부금·장학금·연구비·생활비 등을 지출하는 경우.
(다만, 100만원을 초과하는 경우로 한정)
5. 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입(현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우에 한함)하는 경우
다만, 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도 분부터 아래 항목에 해당하는 종교단체는 전용계좌 개설 대상입니다.
① 동일 내국법인 발행주식총수의 5%를 초과하여 출연·취득한 공익법인
② 특수관계 있는 내국법인 주식을 총재산가액의 30%(50%)를 초과하여 보유하는 공익법인
③ ’96.12.31. 당시 특정주식 5%를 초과하여 보유한 공익법인으로서 현재까지 해당 주식을 5% 초과하여 보유한 공익법인
토지 위에 예배당 건축공사를 하는 경우 출연받은 날로부터 3년 이내에 착공해야 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 봅니다.
「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 제1호에 해당하는 사업을 영위하는 종교단체가 토지를 출연받아 그 토지 위에 예배당을 건축하여 공익목적 사업에 사용하는 경우로서 출연받은 날부터 3년 이내에 예배당 건물 신축 공사를 착공한 때에 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 봅니다.
종교단체가 다른 종교단체에 부동산 증여 시 주무관청에 허가를 받지 않은 경우 증여세가 과세됩니다.
"종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업"을 영위하는 자는 공익법인등에 해당하는 것이며, 공익법인등이 출연받은 재산을 주무관청의 허가를 받지 아니하고 다른 공익법인등에 출연하는 경우에는 증여세가 과세됩니다.
§ 상속세 및 증여세법 제48조 제2항, 같은 법 시행령 제38조 제2항재산-161(2011.3.30.)