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공익법인의 경우 여러가지 의무가 있습니다.
이는 공익법인이 정말 공익법인으로서 제대로 운영되고 있는지를 확인하고자 하는 것에 있습니다.
여기서는 공익법익이 해야 하는 의무 중 최근 몇 년간에 강화된 회계감사, 세무확인, 주식보유관련 의무이행 신고에 대해서 살펴보고자 합니다.
세무확인 및 회계감사의무는 상증법에서 규정하고 있습니다.
상속세및증여세법 제50조 【공익법인등의 세무확인 및 회계감사의무】
① 공익법인등은 과세기간별 또는 사업연도별로 출연받은 재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 대하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 2명 이상의 변호사, 공인회계사 또는 세무사를 선임하여 세무확인(이하 "외부전문가의 세무확인"이라 한다)을 받아야 한다. 다만, 자산 규모, 사업의 특성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등은 외부전문가의 세무확인을 받지 아니할 수 있다. <개정 2016.12.20>
② 제1항에 따라 외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인등은 그 결과를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 보고하여야 한다. 이 경우 관할세무서장은 공익법인등의 출연재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 관련된 외부전문가의 세무확인 결과를 일반인이 열람할 수 있게 하여야 한다.
③ 공익법인등은 과세기간별 또는 사업연도별로 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등은 그러하지 아니하다. <개정 2018.12.31, 2019.12.31>
1. 자산 규모 및 수입금액이 대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인등
2. 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인등
해마다 한 가지 씩 공익법인의 의무가 늘어가는 것을 보면 제대로 공익법인을 운영하지 않을 것 같으면 어설프게 공익법인을 설립하는 것은 잘못된 선택이 될 가능성이 높을 것 같습니다.
회계감사
2020년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도부터는 수입금액과 출연재산 합계액이 50억원이상 또는 기부금 모금액이 20억원 이상인 공익법인도 외부 회계감사대상이 됩니다.
상속세및증여세법시행령 제43조(공익법인등에 대한 외부전문가의 세무확인등)
③ 법 제50조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인등"이란 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 직전 사업연도의 총자산가액 등이 다음 각 호를 모두 충족하는 공익법인등을 말한다. 다만, 제41조의2제6항에 해당하는 공익법인등은 제외한다. <개정 2020.2.11, 2021.2.17, 2025.2.28>
1. 직전 과세기간 또는 직전 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 100억원 미만일 것
2. 직전 과세기간 또는 직전 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만일 것
3. 직전 과세기간 또는 직전 사업연도에 출연받은 재산가액이 20억원 미만일 것
2020년 전에는 총자산가액의 100억 이상인 경우에만 외부감사 대상이었는데, 2020년 부터는 수입금액, 출연재산, 기부금 모금액, 총자산가액을 모두 고려해서 외부감사 대상으로 선정됩니다.
세무확인
공익법인 세무확인 규정은 예전에도 있었지만, 외부회계감사를 받는 경우 출연재산보고로 대체할 수 있었습니다.
그러나 2017년부터는 외부회계감사를 받는 경우에도 세무확인을 하도록 개정되면서 세무확인이 보편화 되었습니다.
(1) 총자산가액이 5억원 이상이거나 수입금액과 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인은 2명 이상의 외부전문가로부터 세무확인을 받아 사업연도 종료일로 부터 4개월 이내에 세무확인서를 제출하여야 합니다.
상속세및증여세법시행령 제43조(공익법인등에 대한 외부전문가의 세무확인등)
① 법 제50조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 다음 각 호의 어느 하나에도 해당하지 아니하는 경우를 말한다. <개정 2011.7.25, 2012.2.2, 2013.2.15, 2015.2.3, 2016.2.5>
1. 해당 공익법인등의 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인등의 총 출연재산가액의 100분의 1에 해당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액 이하의 금액을 출연한 사람은 제외한다), 설립자(이하 이 항에서"출연자등"이라 한다) 또는 임직원(퇴직 후 5년이 지나지 아니한 사람을 포함한다)인 경우
2. 출연자등과 제2조의2제1항제1호 또는 제2호의 관계에 있는 사람인 경우
3. 출연자등 또는 그가 경영하는 회사(해당 회사가 법인인 경우에는 출연자등이 최대주주등인 회사를 말한다)와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 사람인 경우
4. 해당 공익법인등과 채권ㆍ채무 관계에 있는 사람인 경우
5. 제1호부터 제4호까지의 사유 외에 해당 공익법인등과 이해관계가 있는 등의 사유로 그 직무의 공정한 수행을 기대하기 어렵다고 인정되는 사람인 경우
6. 제1호(임직원은 제외한다) 및 제3호부터 제5호까지의 규정에 따른 관계에 있는 법인에 소속된 사람인 경우
②법 제50조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 공익법인등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인등을 말한다. <개정 1998.12.31, 1999.12.31, 2000.12.29, 2005.8.5, 2008.2.22, 2010.2.18, 2011.7.25, 2012.2.2, 2013.2.15, 2014.2.21, 2017.2.7, 2020.2.11, 2022.2.15>
1. 법 제50조제1항에 따라 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액(부동산의 경우 법 제60조ㆍ제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 5억원 미만인 공익법인등. 다만, 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액(해당 공익사업과 관련된 「소득세법」에 따른 수입금액 또는 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련된 수입금액을 말한다. 이하 이 조 및 제43조의5제2항 단서에서 같다)과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인등은 제외한다.
2. 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인등(출연자 1명과 그의 특수관계인이 출연한 출연재산가액의 합계액이 공익법인등이 출연받은 총재산가액의 100분의 5에미달하는 경우로 한정한다)
3. 국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인등으로서 「감사원법」 또는 관련 법령에 따라 감사원의 회계검사를 받는 공익법인등(회계검사를 받는 연도분으로 한정한다)
(2) 세무확인을 할 수 없는 사람
출연자·설립자·임직원 및 출연자 등이 경영하는 회사와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 사람, 해당 공익법인 등과 채권ㆍ채무 관계에 있는 사람인 경우 등은 공정하게 세무확인을 할 수 없을 가능성이 높으므로 세무확인을 수행할 수 없습니다.
주식 보유 관련 의무 이행 신고
비영리법인이 영리법인의 주식을 취득해서 간접적으로 영리법인에 영향력을 행사한 경우가 발생하면서 국세청에서는 비영리법인이 영리법인의 주식을 보유하는 것에 대해서 강력하게 규제하고 있습니다.
원칙적으로 5% 초과하는 주식을 보유할 경우 5%초과하는 부분에 대해서는 증여세를 신고납부할 것을 요구하고 있습니다.
예외적으로 성실공익법인의 경우 10% 초과하는 경우 증여세를 과세하도록 하고 있었습니다.
이는 대학의 경우 교수님들이 창업하면서 학교나 산학협력단에 증여하는 경우가 많은데 재벌들을 규제하는 과정에서 의외로 대학에서 불이익을 보는 사례가 많이 발생하여 이를 보완하기 위한 규정으로 생각됩니다.
그리고 2021년부터 성실공익법인의 규정이 없어지면서 모든 공익법인의 경우 10%초과하는 부분에 대해서 증여세를 신고납부하는 것으로 개정되었습니다.
물론 공익법인이 준수해야 하는 의무를 위반할 경우 5% 초과분에 대해서 증여세를 과세한다는 단서 규정을 두고 있습니다.
그러나 모든 공익법인에 대해서 10%까지 증여세를 과세하지 않는다는 규정이 도입되는 것과 동시에 5%초과 보유하는 주식에 대해서 공익법인이 별도로 신고해야 하는 서식이 나타납니다.
공익법인 주식관련 보유 이행신고가 바로 그것입니다.
주식보유 관련 의무이행 신고서 상의 신고내용은 사실상 세무확인이나 공익법인 결산서류에 모두 포함되는 내용입니다.
그러나 이 신고를 소홀히 했다가는 가산세가 만만치 않습니다.
미신고한 주식에 대해서 가산세를 부과하는 것이 아니라 자산총액에 대해서 0.5%의 가산세를 부과합니다.
만일 자산총액이 100억인데 5%초과 보유한 주식이 100만원 있었다면, 보유한 100만원 주식을 미신고 했을 경우 가산세 5천만원 내야 하는 것입니다.
외부감사, 세무확인, 주식보유 관련 의무이행 신고 관련 가산세
1. 외부회계감사 관련 가산세: (수입금액＋출연재산) × 0.07%
2. 세무확인서 관련 가산세: MAX [(수입금액＋출연재산) × 0.07%, 100만원]-> 1억 한도
3. 주식보유 관련 의무이행 신고: 미신고시 자산총액 × 0.5%-> 1억 한도