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비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우 원칙적으로 법인세를 신고납부해야 합니다.
하지만 비영리법인의 경우 영리법인과 가장 큰 차이를 나타내는 규정이 바로 고유목적사업준비금입니다.
여기서 한 가지 짚고 넘어가야 할 부분이 있습니다.
만일 비영리 단체를 만들었는데 이 단체가 법인이 아니라면 어떻게 될까요?
법인이 아닌 비영리 단체는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없습니다.
왜냐하면 고유목적사업준비금은 법인세법에서만 규정되어 있고 소득세법에서는 규정하고 있지 않기 때문입니다.
고유목적사업준비금은 아직 사용하지도 않은 비용을 세무상 손금으로 신고하면서 사실상 비과세를 받을 수 있는 제도입니다.
물론 5년 이내에 목적사업에 사용해야 한다는 단서가 붙어 있기는 하지만 비영리법인을 설립하는 가장 큰 유인이 바로 고유목적사업준비금을 설정해서 법인세 부담을 영리법인보다 줄일 수 있기 때문입니다.

고유목적사업준비금 설정대상

법인세법 29조에서는 법인으로 보는 단체를 포함해서 비영리법내국법인은 이자소득과 배당소득은 전액, 그 밖의 수익사업 소득은 50%(80%)를 고유목적사업준비금 설정이 가능하다고 규정하고 있습니다.
법인세법 제29조 【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】
① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. <개정 2018.12.24, 2020.12.22, 2022.12.31>
1. 다음 각 목의 금액 가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다. 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액
2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
일반비영리법인에 대비해서, 학교 등 공익법인은 수익사업의 전액을 고유목적사업준비금으로 설정할 수 있는데, 이는 조세특례제한법에서 규정하고 있습니다.
조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. <개정 2010.12.27, 2011.7.25, 2011.12.31, 2012.1.26, 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.12.23, 2015.12.15, 2016.5.29, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.24, 2019.12.31, 2020.12.29, 2022.12.31, 2024.12.31>
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
가. 「사립학교법」에 따른 학교법인
나. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단
다. 「평생교육법」에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 「민법」 제32조에 따른 비영리법인
라. 「국립대학법인 서울대학교 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따른 국립대학법인 서울대학교 및 발전기금
마. 삭제 <2015.3.27>
바. 「국립대학법인 인천대학교 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따른 국립대학법인 인천대학교 및 발전기금
2. 「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
가. 「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 및 「국립대학치과병원 설치법」에 따른 국립대학치과병원
나. 「서울대학교병원 설치법」에 따른 서울대학교병원
다. 「서울대학교치과병원 설치법」에 따른 서울대학교치과병원
라. 「암관리법」에 따른 국립암센터
마. 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원
바. 「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사가 운영하는 병원
사. 「국립중앙의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 국립중앙의료원
아. 다음의 어느 하나에 해당하는 법인이 「보건의료기술 진흥법」 제28조의2에 따라 설립한 의료기술협력단
1) 제1호가목의 법인
2) 제2호의 법인
3) 가목부터 사목까지의 법인
4. 「도서관법」에 따라 등록한 도서관을 운영하는 법인
5. 「박물관 및 미술관 진흥법」에 따라 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인
6. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화예술단체 및 체육단체로서 대통령령으로 정하는 법인
7. 「국제경기대회 지원법」에 따라 설립된 조직위원회로서 기획재정부장관이 효율적인 준비와 운영을 위하여 필요하다고 인정하여 고시한 조직위원회
가. 삭제 <2022.12.31>
나. 삭제 <2022.12.31>
다. 삭제 <2022.12.31>
라. 삭제 <2014.12.23>
마. 삭제 <2022.12.31>
바. 삭제 <2017.12.19>
8. 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 해당 과세연도의 고유목적사업이나 「법인세법」 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금에 대한 지출액 중 100분의 80 이상의 금액을 장학금으로 지출한 법인
9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
가. 「공무원연금법」에 따른 공무원연금공단
나. 「사립학교교직원연금법」에 따른 사립학교교직원연금공단
② 삭제 <2022.12.31>
③ 삭제 <2022.12.31>
④ 수도권 과밀억제권역 및 광역시를 제외하고 인구 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역에 「의료법」 제3조제2항제1호 또는 제3호의 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인(제1항이 적용되는 비영리내국법인은 제외한다)에 대하여는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. <신설 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.12.23, 2016.12.20, 2019.12.31, 2022.12.31> [전문개정 2010.1.1]
입주자대표회의와 임차인대표회의도 고유목적사업준비금을 설정할 수 있습니다.
법인세법 시행령에서는 입주자대표회의와 임차인대표회의 등도 고유목적사업준비금을 설정할 수 있다고 규정합니다.
법인세법 시행령 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입)
①법 제29조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다. <개정 2001.12.31, 2010.2.18, 2010.12.30, 2016.8.11, 2018.2.13, 2019.2.12>
1. 제39조제1항제1호에 해당하는 단체
2. 삭제 <2001.12.31>
3. 법령에 의하여 설치된 기금
4. 「공동주택관리법」 제2조제1항제1호가목에 따른 공동주택의 입주자대표회의ㆍ임차인대표회의 또는 이와 유사한 관리기구
입주자대표회의와 임차인대표회의의 경우 2010년 이후에 법인세법 시행령에서 고유목적사업준비금 설정대상으로 추가되었습니다.
중요한 부분은 입주자대표회의와 임차인대표회의가 고유목적사업준비금을 설정하려면 비영리법인이 되어야 한다는 것입니다.
비영리법인인지 여부는 사업자번호를 확인하면 됩니다.
사업자번호 10자리 중 중간의 두자리가 82로 표시되어 있으면 이는 비영리법인이라는 의미가 됩니다.
즉, 다음과 같이 표시되어 있어야 고유목적사업준비금을 손금에 산입해서 신고할 수 있습니다.
***-82-*****
비영리법인이 이자소득만 있다면 무조건 환급받을 수 있는 이유
이자나 배당소득은 원천징수대상 소득입니다.
원천징수는 소득자가 세금을 신고납부하는 것이 아니라 지급하는 기관에서 세금을 떼고 지급한 후 신고납부하는 것입니다.
은행에서 이자를 100만원 받게 된다면, 은행에서 세금을 15.4%를 떼고 받게 됩니다.
소득세가 14%이고, 소득세에 대한 지방세가 소득세의 10%로 추가되기 때문입니다.
결국 이자소득이 100만원이라면 실제 받게 되는 금액은 846,000[100만원*(1-0.154)]원이 됩니다.
여기서 생각해야 하는 부분이 법인세 세율은 2억 이하인 경우 지방세까지 포함하면 9.9%라는 것입니다.
그런데 법인이 은행에서 이자를 받게 되면 먼저 세금을 15.4%를 납부하게 되는 것이기 때문에 2억이하의 이자소득만 있다면 5.5%(15.4%-9.9%)를 환급받을 수 있습니다.
그리고 해당 비영리법인이 고유목적사업준비금을 설정할 수 있고 이자소득만 있다면 이자소득에 대한 세금인 15.4%를 전액 환급을 받을 수 있습니다.
입주자대표회의와 임차인대표회의의 고유목적사업준비금 설정시 유의사항
원칙적으로 입주자대표회의와 임차인대표회의도 이자나 배당소득은 100% 고유목적사업준비금 설정이 가능하고, 다른 수익사업 소득이 발생하면 50% 고유목적사업준비금 설정이 가능합니다.
그러나 현실적으로 환급받고 있는 입주자대표회의나 임차인대표회의는 별로 없습니다.
왜 그럴까요?
입주자대표회의나 임차인대표회의의 수익사업이 의외로 많기 때문입니다.
특히 아파트의 경우 재활용폐자원수입이 만만치 않게 발생합니다.
재활용폐자원수입도 50% 고유목적사업준비금 설정이 가능하지만 그 금액이 많아지면 결국 환급받을 수 없는 경우가 발생합니다.
그리고 가장 큰 이유는 입주자대표회의나 임차인대표회의에서 부가가치세 신고를 제대로 하지 않기 때문입니다.
재활용폐자원 등의 수입에 대해서 부가가치세 신고를 하게 되면 부가가치세를 10%납부하게 되는데, 법인세를 신고해서 고유목적사업준비금을 설정해서 일부 환급받는 것보다 부가가치세 신고시 납부해야 하는 부가가치세가 더 많은 경우가 대부분이기 때문입니다.
마지막으로 유의해야 하는 사실
고유목적사업준비금은 당기순이익과세를 적용받는 조합법인과 청산 중에 있는 비영리내국법인은 고유목적준비금을 손금에 산입할 수 없습니다.
또한 수정신고나 경정청구 등으로 고유목적사업준비금을 설정할 수 없습니다.
신고기한 이후에 신고하는 경우에 추가로 세금을 납부해야 하는 경우를 수정신고라고 하고, 환급을 받는 경우를 경정청구라고 하는데, 고유목적사업준비금은 경정청구를 할 수 없는 것입니다.