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비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우 법인세가 과세되지만 그 다음 단계로 부가가치세가 과세되는지 여부를 확인해야 합니다.
만일 처음부터 수익사업이 아니라면 부가가치세가 과세될 여지는 없습니다.
하지만 실무에서는 수익사업이 아닌 데도 (세금)계산서를 발행하거나 반대로 수익사업인데도 부가가치세 신고를 전혀 하지 않는 경우도 빈번합니다.
연구개발의 사례를 통해서 왜 실무에서 (세금)계산서 발행과 부가가치세 신고가 수익사업과 다르게 신고되고 있는지 그 이유를 확인해 보고자 합니다.
연구개발의 경우 법인세법 상 대가성 여부로 수익사업 과세 여부를 구분한 후, 부가가치세법 상 새로운 학술이나 기술개발을 위한 새로운 이론 등에 대한 면세가 적용되는지를 확인해야 합니다.
이것은 아래와 같이 정리해 볼 수 있습니다.
그러나 실무에서 이 표를 그대로 적용하는 것은 상당히 힘들 때가 많습니다.
법인세법상 대가성이 없는 경우라면 수익사업으로 과세되지 않는 것은 물론이고 부가가치세를 부담할 의무는 처음부터 존재하지 않습니다.
결국 법인세법상 대가성 있는 경우에만 부가가치세 과세여부를 고민해야 합니다.
연구용역의 경우 국가 등 지방자치단체와 기업체가 같이 연구비를 부담하는 경우가 많습니다.
국가 등 지방자치단체는 법인세나 부가세를 부담하지 않는 경우가 많지만 기업체 실무자의 경우 법인세와 부가가치세를 거의 예외없이 신고납부하게 된다.
따라서 세금 신고를 위해 증빙을 철저히 챙기게 됩니다.
특히 연구개발 용역에 대해서 경험이 별로 없는 경우 대가성 여부에 대한 고민 없이 그냥 세금계산서를 발행해 달라고 요구하는 경우가 많습니다.
기업체에서는 적격증빙이 없으면 자금을 사용하지 않도록 하는 것이 원칙이기 때문입니다.
그리고 연구개발용역을 하는 당사자는 일단 연구비를 받아야 하기 때문에 요구하는 대로 세금계산서나 계산서를 발행한 후 결산을 할 때에는 대가성이 없는 연구용역으로 비수익 사업으로 처리 하는 것입니다.
법인세법상 연구개발업 과세여부
비영리법인에 대해서는 법인세법 4조에서 각 사업연도 소득과 토지등양소득세에 대해서만 법인세를 과세하도록 되어 있습니다.
비영리법인은 청산시 잔여재산이 국가등에 귀속되므로 청산소득은 과세되지 않는 것이 맞는 것 같습니다.
법인세법 제4조 【과세소득의 범위】
① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
각 사업연도 소득 중에서 축산업 등은 수익사업에서 제외된다. 그리고 연구개발업의 경우 대가성이 있는 경우에만 수익사업으로 법인세가 과세된다는 사실을 시행령에서 규정하고 있다.
법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】
① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.
1. 축산업(축산 관련 서비스업을 포함한다) 외의 농업
2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)
2의2. 선급검사(船級檢査) 용역을 공급하는 사업
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업
가. 「유아교육법」에 따른 유치원
나. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교
다. 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)
라. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교
마. 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설
4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업
가. 「사회복지사업법」 제34조에 따른 사회복지시설 중 사회복지관, 부랑인ㆍ노숙인 시설 및 결핵ㆍ한센인 시설
나. 「국민기초생활보장법」 제15조의2제1항 및 제16조제1항에 따른 중앙자활센터 및 지역자활센터
다. 「아동복지법」 제52조제1항에 따른 아동복지시설
라. 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은 제외한다)
마. 「노인장기요양보험법」 제2조제4호에 따른 장기요양기관
바. 「장애인복지법」 제58조제1항에 따른 장애인복지시설 및 같은 법 제63조제1항에 따른 장애인복지단체가 운영하는 「중증장애인생산품 우선구매 특별법」 제2조제2항에 따른 중증장애인생산품 생산시설
사. 「한부모가족지원법」 제19조제1항에 따른 한부모가족복지시설
아. 「영유아보육법」 제10조에 따른 어린이집
자. 「성매매방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제9조제1항에 따른 지원시설, 제15조제2항에 따른 자활지원센터 및 제17조제2항에 따른 성매매피해상담소
차. 「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」 제3조제6호 및 제7호에 따른 정신요양시설 및 정신재활시설
카. 「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제10조제2항 및 제12조제2항에 따른 성폭력피해상담소 및 성폭력피해자보호시설
타. 「입양특례법」 제20조제1항에 따른 입양기관
파. 「가정폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 제5조제2항 및 제7조제2항에 따른 가정폭력 관련 상담소 및 보호시설
하. 「다문화가족지원법」 제12조제1항에 따른 다문화가족지원센터
거. 「건강가정기본법」 제35조제1항에 따른 건강가정지원센터
5. 연금업 및 공제업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
가. 「국민연금법」에 의한 국민연금사업
나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)
다. 「근로자퇴직급여보장법」에 따른 중소기업퇴직연금기금을 운용하는 사업
6. 사회보장보험업중 「국민건강보험법」에 의한 건강보험사업과 「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험사업
7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 「부가가치세법」 제26조제1항제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
8. 금융 및 보험 관련서비스업중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
가. 「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원ㆍ채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업
나. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」 및 「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
다. 「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
라. 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」 제43조의2에 따른 구조조정기금을 통한 부실자산 등의 인수 및 정리와 관련한 사업
마. 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
바. 「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
9. 「혈액관리법」 제6조제3항에 따라 보건복지부장관으로부터 혈액원 개설 허가를 받은 자가 행하는 혈액사업
10. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택담보노후연금보증계정을 통하여 주택담보노후연금보증제도를 운영하는 사업(보증사업과 주택담보노후연금을 지급하는 사업에 한한다)
11. 「국민기초생활 보장법」 제2조에 따른 수급권자ㆍ차상위계층 등 기획재정부령으로 정하는 자에게 창업비 등의 용도로 대출하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖춘 사업
12. 비영리법인(사립학교의 신축ㆍ증축, 시설확충, 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업
13. 「국민체육진흥법」 제33조에 따른 대한체육회에 가맹한 경기단체 및 「태권도 진흥 및 태권도공원조성에 관한 법률」에 따른 국기원의 승단ㆍ승급ㆍ승품 심사사업
14. 「수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률」에 따른 수도권매립지관리공사가 행하는 폐기물처리와 관련한 사업
15. 「한국장학재단 설립 등에 관한 법률」에 따른 한국장학재단이 같은 법 제24조의2에 따른 학자금대출계정을 통하여 운영하는 학자금 대출사업
16. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제15호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업
대가성의 판단기준은 결과물의 소유권으로 볼 수 있습니다. 유형의 연구기자재 등을 소유했다고 하는 것이 아니라 무형의 결과물에 대한 소유권이 누구에게 있느냐가 핵심입니다.
연구보고서를 제출하여야 하고 연구내용과 연구비 사용내역에 대한 감사를 받기도 하지만, 이를 가지고 대가관계에 있다고 보기는 어렵습니다. 또한 지식재산권이 공동소유인 경우에도 대가성이 있는 것으로 보아야 합니다.
예를 들어 신제품 개발을 위한 시작(제)품 제작을 의뢰하였을 경우 결과물은 당연히 지원기관의 소유가 될 것이며 대가성이 있는 연구로 보아야 합니다. 또한 연구 내용이 지표조사,타당성조사, 성분분석 등이라면 연구보고서는 대가를 받고 연구를 수행한 결과물이라고 보아야 할 것입니다.
부가가치세법상 연구개발 과세여부
연구개발이 대가성이 있다고 판단하였다면 부가가치세법상 과세여부를 확인해야 합니다.
부가가치세법 42조 2호 나목에서는 면세대상인 학술연구용역과 기술연구용역에 대해서 규정하면서 세부내용은 기획재정부령에 위임하고 있습다.
제42조 【저술가 등이 직업상 제공하는 인적 용역으로서 면세하는 것의 범위】법 제26조제1항제15호에 따른 인적(人的) 용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호의 용역으로 한다. <개정 2019.2.12, 2022.2.15, 2024.2.29>
2. 개인, 법인 또는 법인격 없는 사단·재단, 그 밖의 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음 각 목의 인적 용역
가. 「형사소송법」 및 「군사법원법」 등에 따른 국선변호인의 국선변호, 「국세기본법」에 따른 국선대리인의 국선대리 및 기획재정부령으로 정하는 법률구조(法律救助)
나. 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역
다. 직업소개소가 제공하는 용역 및 상담소 등을 경영하는 자가 공급하는 용역으로서 기획재정부령으로 정하는 용역
라. 「장애인복지법」 제40조에 따른 장애인보조견 훈련 용역
마. 외국 공공기관 또는 「국제금융기구에의 가입조치에 관한 법률」 제2조에 따른 국제금융기구로부터 받은 차관자금으로 국가 또는 지방자치단체가 시행하는 국내사업을 위하여 공급하는 용역(국내사업장이 없는 외국법인 또는 비거주자가 공급하는 용역을 포함한다)
바. 「민법」에 따른 후견인과 후견감독인이 제공하는 후견사무 용역
사. 「가사근로자의 고용개선 등에 관한 법률」에 따른 가사서비스 제공기관이 가사서비스 이용자에게 제공하는 가사서비스
아. 「직업안정법」에 따른 근로자공급 용역
자. 다른 사업자의 사업장(다른 사업자가 제공하거나 지정한 경우로서 그 사업자가 지배ㆍ관리하는 장소를 포함한다)에서 그 사업자의 시설 또는 설비를 이용하여 물건의 제조ㆍ수리, 건설, 그 밖에 이와 유사한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 작업을 수행하기 위한 단순 인력 공급용역(「파견근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 근로자파견 용역은 제외한다)
부가가치세법 시행규칙 32조에서는 면세되는 학술연구용역과 기술연구용역은 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론 등에 관한 연구용역이라고 규정한다.
제32조 【학술연구용역과 기술연구용역의 범위】영 제42조제2호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이란 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다.
질의회신을 찾아보면 아래와 같은 것이 있습니다.
[질의회신] 부가, 부가가치세과-482, 2012.04.30
부가가치세가 면제되는 학술 또는 기술연구용역은 「부가가치세법」 제12조제1항제14호 및 같은법 시행령 제35조제2호라목의 규정에 의하여 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말하며, 학술 및 기술의 연구결과를 단순히 응용 또는 이용하여 제공하는 용역은 부가가치세가 면제되는 학술 또는 기술연구용역에 해당하지 아니하는 것입니다. 이에 해당되는지는 실지내용에 따라 사실판단할 사항입니다
[질의회신] 서면-2020-법령해석부가-4281, 2020.10.20
산학혁렵단이 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역이 아닌 단순 조사ㆍ확인ㆍ수집ㆍ분석 등을 통한 조사ㆍ연구용역을 공급하는 경우 부가가치세가 면제되는 학술ㆍ기술연구용역에 해당하지 아니함
대학교 산학혁렵단이 한강 수질과 특정 벌레의 발생원인 규명 및 어업피해영향을 조사ㆍ연구하는 용역(이하 “조사ㆍ연구용역”)을 의뢰받아 벌레 표본수집, 서식지 정보 분석, 한강 수질 과거 자료 수집 등을 통하여 용역을 공급하고 대가를 받는 경우 해당 조사ㆍ연구용역은 「부가가치세법」 제26조제1항 제15호 및 같은 법 시행령 제42조제2호 나목에 따른 학술 또는 기술연구용역에 해당하지 아니하는 것임
첫번째 질의회신에서는 단순한 응용 또는 이용은 면제되는 학술 또는 기술연구용역이 아니라고 하면서 마지막 문단에서 실지내용은 사실판단해야 한다고 한다. 질의회신을 받다가 마지막에 사실 판단할 사항이라는 표현이 나오면 그냥 힘이 빠질 때가 많다.
사실 판단할 사항이라는 것은 결국 case by case 라는 것으로 상황에 따라 다르다는 것입니다.
이러한 표현은 실무상 아무 도움이 안됩니다.
(법인세법)대가성 vs (부가가치세법)새로운 이론 등에 대한 연구
법인세법에서 언급하는 대가성의 경우 결과물이 나와서 소유권이 쉽게 확인되면 다행이지만 연구결과보고서만 제출하면 된다면 과연 그것이 누구의 소유권인지 알기가 쉽지 않습니다.
당초 계약서 등에도 소유권에 대한 언급이 없는 경우가 많기 때문입니다.
문제는 새로운 이론 등에 대한 연구 등에 해당된다면 부가가치세가 면세인데 그렇지 않으면 부가가치세 10%를 내야 됩니다.
10%라는 금액은 상당히 큰 금액일 때가 많습니다.
연구용역 당사자 입장에서는 가급적 부가가치세를 안 내기 위해서 새로운 이론 등에 대한 연구로 모든 서류를 만들고자 하겠지만, 만일 세무조사 등을 받게 된다면 세무서에서는 새로운 이론 등에 대한 연구가 아니라고 세금을 추징하려고 할 가능성이 높습니다.